Nietoperze to ssaki, które na okres zimy zapadają w sen zwany hibernacją. Miejsca, w których hibernują nietoperze charakteryzują się specyficznymi warunkami: temperatura nie powinna spadać poniżej 0°C a wilgotność powietrza powinna być w miarę wysoka. Temperatura panująca w zimowiskach nie powinna zmieniać się znacząco w trakcie zimy. Takie warunki nietoperze odnajdują w jaskiniach skalnych, bunkrach, fortyfikacjach, studniach, piwnicach czy ziemiankach. Wiele z tego typu obiektów jest w złym stanie technicznym.
W przypadku Ostoi Warmińskiej głównym miejscem wykorzystywanym na zimowiska nietoperzy są opuszczone bunkry oraz piwnice kamienno-ziemne (tzw. ziemianki). W wielu przypadkach wymagają one prac remontowych w celu przywrócenia w nich dobrych warunków temperaturowo-wilgotnościowych, sprzyjających hibernacji nietoperzy.
Obecnie brak jest badań chiropterologicznych obszaru Ostoi Warmińskiej (zarówno populacji lęgowej i zimującej). Przewiduje się, że na terenie Ostoi Warmińskiej, tak jak i na innych obszarach województwa warmińsko-mazurskiego, w bunkrach i ziemiankach mogą zimować 3 gatunki nietoperzy:
- gacek brunatny (Plecotus auritus),
- nocek rudy (Myotis daubentonii),
- nocek Natterera (Myotis Nattereri).
Nie wyklucza się także zimowania mopka (Barbastellus barbastellus) czy mroczka pozłocistego (Eptesicus nilssonii), choć gatunki te spotykane są bardzo rzadko.
